Safnmörkin eru samsett úr einkennisstöfum, númeri og stærðartölu. Einkennisstafirnir vísa til þess hvort handritið kemur úr safni Árna Magnússonar (AM), úr Konungsbókhlöðu (GKS, NKS) eða tilheyrir þeim handritum sem stofnunin hefur eignast síðan hún var sett á fót (SÁM). Stærðartalan gefur vísbendingu um stærð handritsins: folio-handrit (fol.) eru stærst, þá koma quarto-handrit (4to), síðan octavo-handrit (8vo) og loks duodecimo (12mo) sem eru varla nema lófastór. Þegar vísað er til blaðsíðu í handriti er það gert með því að tiltaka númer blaðsins, t.d. 8, og nota svo bókstafina r (fyrir latneska orðið recto) eða v (verso) til þess að gefa til kynna hvort um forsíðu blaðsins (8r) eða baksíðu (8v) er að ræða.