• Stofnunin á náið samstarf við Háskóla Íslands og  samstarfssamningur er í gildi milli skólans og stofnunarinnar. Nokkrir starfsmenn kenna við skólann og leiðbeina meistara- og doktorsnemum. Kennarar og nemendur HÍ nýta sér bókasafn stofnunarinnar og  rannsóknaaðstöðu og margir doktorsnemar hafa þar fasta aðstöðu. Stofnunin á fulltrúa í stjórn Miðaldastofu og dósent í miðaldafræði hefur starfsaðstöðu á stofnuninni. Einnig leggja starfsmenn stofnunarinnar til efni á Vísindavefinn.
   
• Um kennslu íslensku sem annars máls er einnig samstarf við HÍ og stofnunin á fulltrúa í stjórn Rannsóknastofu í máltileinkun. Verkefnið Icelandic Online hefur verið unnið í samstarfi við HÍ og nokkra íslenska lektora.
   
• Samstarf er við HÍ um rekstur sumarnámskeiða í íslensku máli og menningu fyrir erlenda nemendur.  Einnig hefur verið samstarf við Þjóðræknisfélag Íslendinga um íslenskukennslu fyrir vestur-íslensk ungmenni sem taka þátt í Snorraverkefni félagsins.
   
• Einnig má nefna samstarf við Stofnun Vigdísar Finnbogadóttur og ýmis háskólasetur, s.s. Rannsóknarsetur HÍ – Þjóðfræðistofu á Hólmavík, Rannsóknasetur HÍ á Hornafirði og Rannsóknasetur HÍ á Skagaströnd. 
   
• Stofnunin hefur gert  formlega samstarfssamninga við stofnanir og fræðasetur á landsbyggðinni og á fulltrúa í stjórn Breiðdalsseturs, Snorrastofu Reykholti, Þórbergsseturs  og Gunnarsstofnunar á Skriðuklaustri. Þá má nefna Styrktarsjóð Þórbergs Þórðarsonar og Margrétar Jónsdóttur.
   
• Stofnunin hefur margvíslegt samstarf við Landsbókasafn Íslands – Háskólabókasafn. Handrit.is er samstarfsverkefni stofnunarinnar, Landsbókasafns Íslands – Háskólabókasafns og Institut for Nordiske Studier og Sprogvidenskab í Kaupmannahöfn. Bókasafn stofnunarinnar er skráð í Gegni og tengist Landskerfi bókasafna. Stofnunin á fulltrúa í stjórn Miðstöðvar munnlegrar sögu á Landsbókasafninu.
   
• Náið samstarf er við Háskólann í Reykjavík á sviði máltækni og stofnunin á fulltrúa í stjórn Máltækniseturs.
   
• Gerður hefur verið samstarfssamningur við Hið íslenzka fornritafélag sem felst m.a. í því að stofnunin verður meðútgefandi að nýrri ritröð félagsins og að ritstjóri Íslenzkra fornrita hefur þar starfsaðstöðu.
   
• Á sviði örnefnamála er gott samstarf við fjölmarga einstaklinga og stofnanir. Örnefnaskrár einstakra jarða eða svæða eru lagfærðar, endursamdar eða upplýsingum bætt við. Ný örnefni eru skráð og skýrð, eldri sömuleiðis. Þetta samstarf skilur eftir þekkingu á sviðinu sem nýtist víða, ekki síst í kortagerðarmálum. Stofnunin á náið samstarf við Landmælingar Íslands en hún hefur lögbundið eftirlitshlutverk við skráningu örnefna á landakort. Örnefnaskrár eru skráðar og aðgengilegar í Nafnið.is. Einnig er stofnunin í samstarfi við Þjóðskrá Íslands vegna skráningar staðfanga og hefur eftirlit með því að framkvæmd hennar samræmst markmiðum laga um örnefni, nr. 22/2015.
• Íðorðanefndir á fjölmörgum fræðasviðum eiga samstarf við stofnunina og leggja til efni í Íðorðabankann. Orðanefndirnar funda reglulega á málræktarsviði og hafa þar aðstöðu eftir samkomulagi.
   
• Einnig ber að nefna náið samstarf stofnunarinnar við Þjóðminjasafn Íslands, Listasafn Íslands, Þjóðskjalasafn Íslands og héraðsskjalasöfn um varðveislu og safnastarfsemi almennt. Stofnunin tekur þátt í sýningunni Sjónarhorn – ferðalag um íslenskan myndheim sem opnuð var í Safnahúsinu við Hverfisgötu í mars 2015. Sýningin er samstarfsverkefni Þjóðminjasafns Íslands,  Listasafns Íslands, Náttúruminjasafns Íslands, Stofnunar Árna Magnússonar í íslenskum fræðum, Landsbókasafns Íslands - Háskólabókasafns og Þjóðskjalasafns Íslands. Einnig hefur stofnunin lagt til handrit á sýningu Þjóðminjasafnsins Þjóð verður til.
   
• Tónlistarsafn Íslands í Landsbókasafni og þjóðfræðisvið stofnunarinnar hafa sameiginlega umsjón með Ísmús, vef um íslenskan músík- og menningararf.
   
• Einnig hefur verið fjölbreytt samstarf m.a. við Reykjavíkurakademíuna, Minjastofnun, Listvinafélag Hallgrímskirkju, Lærdómssetur á Leirubakka, Háskólasetur Vestfjarða og Þjóðlagasetur sr. Bjarna Þorsteinssonar á Siglufirði.
   
• Stofnunin hefur haft samstarf um útgáfu bóka og geisladiska m.a. við Háskólaútgáfuna, Hið íslenska bókmenntafélag, Forlagið, Leif Eiríksson, Menntamálastofnun og Smekkleysu.