Stjórn stofnunarinnar skipa:
- Halla Oddný Magnúsdóttir fjölmiðlakona. Formaður stjórnar
- Guðmundur Andri Thorsson rithöfundur. Varaformaður stjórnar
- Guðrún Þórhallsdóttir dósent
- Torfi Tulinius prófessor
- Guðrún Dröfn Whitehead lektor
Menningar-, nýsköpunar- og háskólaráðherra skipar Stofnun Árna Magnússonar í íslenskum fræðum fimm manna stjórn til fjögurra ára í senn. Skulu þrír skipaðir samkvæmt tilnefningu háskólaráðs Háskóla Íslands og tveir án tilnefningar og er annar þeirra formaður stjórnar.