Meginefni Flateyjarbókar er sögur af Noregskonungum. Í fyrri hlutanum eru fyrirferðarmestar Ólafs saga Tryggvasonar (d. 1000), sérstök gerð þeirrar sögu sem er nefnd hin mesta, og Ólafs saga helga (d. 1030), að meginstofni sérstaka sagan eftir Snorra Sturluson sem hann samdi á undan Heimskringlu.

Í síðari hluta Flateyjarbókar eru m.a. sögur Sverris konungs (d. 1202) og Hákonar gamla (d. 1263). Sverris saga er elsta stóra Noregskonungasagan sem til er. Fyrri hluti hennar, og ef til vill sagan öll, er eftir Karl Jónsson, ábóta á Þingeyrum. Upphaf sögunnar er ritað eftir forsögn Sverris sjálfs en framhaldið eftir sögn kunnugra samtíðarmanna. Hákonar saga er samin af hinum kunna sagnaritara Sturlu Þórðarsyni.

Þeirri hugmynd hefur verið hreyft að í Flateyjarbók hafi í öndverðu ekki átt að vera sögur fleiri Noregskonunga en Ólafanna tveggja og bókin hafi verið ætluð þriðja konunginum með því nafni, Ólafi Hákonarsyni. Sá Ólafur dó eða hvarf á unglingsaldri 1387 sama árið og þessi hluti Flateyjarbókar var skrifaður og með honum dó út norska konungsættin frá Haraldi hárfagra.

Í Flateyjarbók hefur varðveist mikið af merkilegu efni sem hvergi er annars staðar til, enda hafa við gerð hennar verið notuð fleiri forrit en að nokkru öðru handriti íslensku og verður hún því ævinlega talin með merkustu handritum íslenskra bókmennta. Margir af þáttum Flateyjarbókar eru hvergi varðveittir nema þar, svo sem Einars þáttur Sokkasonar, Þorleifs þáttur jarlaskálds, Þorsteins þáttur uxafóts, Orms þáttur Stórólfssonar og Hróa þáttur heimska.

Heilum sögum, köflum úr sögum og sjálfstæðum þáttum er bætt við Flateyjarbók. Þar á meðal eru Færeyinga saga, að meginhluta texti sem virðist í frumgerð og er hvergi til annars staðar, Orkneyinga saga sem er nær heil, Fóstbræðra saga með köflum sem ekki eru í öðrum handritum hennar og Grænlendinga saga sem hvergi er varðveitt annars staðar en hún er ein hinna elstu fornsagna okkar og jafnframt ein elsta heimild um fund Vínlands. 

Flateyjarbók er fræg fyrir glæsilegar myndlýsingar. Á sjö stöðum í handritinu er að finna sérstaklega stóra og litríka upphafsstafi, svokallaða sögustafi, með myndum sem tengjast efni viðkomandi sögu, þáttar eða kafla. Á þremur blaðsíðum, við mikilvæg efnisskil í handritinu, ná myndlýsingar sögustafanna niður eftir spássíunum og langsum eftir neðri spássíum. Samkvæmt formála bókarinnar eru allar lýsingar gerðar af Magnúsi Þórhallssyni sem einnig er talinn hafa lýst Stjórnarhandritið AM 226 fol.

Flateyjarbók er einstök að því leyti að hún segir sjálf meira af uppruna sínum en önnur íslensk miðaldahandrit sem nær engin geta skrifara sinna eða ritunartíma. Í formála Flateyjarbókar segir að bókina eigi Jón Hákonarson og að hana hafi ritað Jón prestur Þórðarson og Magnús prestur Þórhallsson og að sá síðarnefndi hafi lýst (myndskreytt) hana alla. Jón Hákonarson (f. 1350) var auðugur bóndi og bjó í Víðidalstungu í Húnavatnssýslu en fátt er kunnugt um skrifarana tvo. Á öðrum stað í bókinni segir Magnús Þórhallsson að hún sé rituð 1387 en hann hefur aukið ofurlitlu við hana næstu sjö árin.

Ekki er vitað með vissu um feril Flateyjarbókar fyrst eftir að Jón Hákonarson leið en á síðara hluta 15. aldar mun bókin hafa verið í eigu Þorleifs Björnssonar hirðstjóra á Reykhólum. Frá honum flakkaði Flateyjarbók á milli manna þar til hún endaði hjá Jóni Finnssyni sem einnig bjó í Flatey og við heimkynni þeirra feðga er bókin kennd.

Jón Finnson í Flatey gaf Brynjólfi Sveinssyni biskupi Flateyjarbók 1647 en biskup sendi hana Friðriki þriðja Danakonungi árið 1656. Í rúmar þrjár aldir var Flateyjarbók einn helsti kjörgripurinn í Konungsbókhlöðunni í Kaupmannahöfn. Gjafahringnum var lokað síðasta vetrardag 1971 þegar Helge Larsen menntamálaráðherra Dana afhenti Gylfa Þ. Gíslasyni menntamálaráðherra bókina með orðunum „Vær så god! Flatøbogen“.