Margrét Eggertsdóttir er rannsóknarprófessor á handritasviði en var fyrst ráðin sem styrkþegi á stofnunina árið 1992. Rannsóknir hennar hafa einkum beinst að íslenskum bókmenntum og handritum eftir siðaskipti og fjallaði doktorsritgerð hennar um verk Hallgríms Péturssonar (1614–1674) og tengsl íslenskra bókmennta á sautjándu öld við evrópska bókmenntahefð. Helsta verkefni Margrétar á stofnuninni er að undirbúa og ganga frá heildarútgáfu á verkum Hallgríms Péturssonar. Fjögur bindi hafa þegar komið út og það fimmta er á leiðinni. Margrét hefur stjórnað og tekið þátt í ýmsum rannsóknarverkefnum, t.d. rannsóknum á menningar- og félagslegu hlutverki sálma- og kvæðahandrita, á kveðskap sr. Ólafs Jónssonar á Söndum og á handritum Njáls sögu. Margrét hefur nokkur undanfarin ár skipulagt alþjóðlegan sumarskóla í handritafræðum sem haldinn er til skiptis í Reykjavík og Kaupmannahöfn. Hún er í stjórn Snorrastofu og í sálmabókarnefnd íslensku þjóðkirkjunnar.